Сохэй, потерявший родителей и живущий вместе со своей тётей, оказывается в изоляции в своём классе благодаря его бывшему другу и товарищу из клуба лёгкой атлетики Хидзири. Травля к Сохэю ускоряется, и корень всему — простодушное поведение таинственной, прекрасной девушки Маки, которая всюду ходит за Сохэем. Тётина работа на дому не ладится, а единственный человек, который понимает его и проявляет добрую волю, Харука, стала недосягаемой для рук Сохэя. Твёрдо убеждённый, что он потерял принадлежащее ему место, Сохэй внезапно осознаёт, что его тело не отражается в глазах других, и его голос более не достигает окружающих. Сохэй стал невидимым человеком. Когда Сохэй блуждает в неизвестном городе, ведомый бездомной кошкой, с которой он вскоре подружился, он теряется в «невидимом городе», где невидимые люди скапливаются и живут вместе.