При попытке воскрешения умершего сына создал гомункула Зависть. Видимо, Хоэнхайм ужаснулся тому, что у него получилось, и бросил новорождённого гомункула — вот отчего тот питает к нему такую лютую ненависть. Как и Данте, научился при помощи камня перемещать свою душу в другое тело после того, как прежнее постареет. На самом деле, ушёл от своей семьи из-за того, что его тело, как и тело Данте, начало гнить, и он не хотел, чтобы его семья это видела. Он прошел через врата и находился в параллельном мире, где всем правит технология. И оставался там всё это время. В конце сериала было показано, что он остался в этом мире с Эдвардом.

Гомункул научил его читать, писать, а также научил алхимии и дал ему имя — Ван Хоэнхайм (изначально он пытался дать ему имя Парацельса, но увидев, что тот не в состоянии его запомнить, сократил до фамилии с приставкой). После разрушения Ксеркса, в котором он был отчасти виноват, Хоэнхайм стал живым философским камнем, внутри него находятся 536 329 душ. Он отправился на восток, где научил жителей Сина алхимии, а затем на запад — в Аместрис. Там он влюбился в Тришу Элрик, а затем, через несколько лет после рождения Альфонса, ушёл. Впервые в манге Хоэнхайм появляется на могиле Триши. Главная его цель — это отомстить тому гомункулу, который уничтожил Ксеркс и скопировал его внешность — Отцу. Однако, во время битвы с Отцом он был побеждён (или, точнее, обезврежен), и вместе с другим ценными жертвами сейчас сражается с Отцом. Хоэнхайм давно понял, что Отец задумал превратить весь Аместрис в философский камень и, не желая повторения судьбы Ксеркса, разработал план противодействия. Оставив семью, он пустился в путешествие, обойдя страну по периметру, через определённые промежутки оставляя над тоннелем фрагменты своего философского камня, по одной душе на фрагмент, предварительно договорившись с каждой душой. Когда произошло солнечное затмение, во время которого Отец преобразовал Аместрис в камень, лунная тень полностью накрыла Аместрис, образовав круг, с ошмётками камня Хоэнхайма по периметру. Души, составлявшие камень Хоэнхайма, активировали этот круг, разрушив камень Отца и вернув души жителей Аместриса обратно в их тела, тем самым лишив Отца силы. В последней главе он умер своей смертью — рядом с могилой Триши Элрик.